As estimativas de custo consideram dois sistemas de produção, sendo um com soja convencional e outro com soja transgênica (RR). Os custos de produção da soja convencional foram estimados em R$ 1.187,60 e da soja transgênica (RR) em R$ 1.219,86.
Dentre as operações agrícolas destaca-se a do plantio que corresponde a 44,6% e 47,2% do custo de produção, da soja convencional e da transgênica, respectivamente. Esta operação engloba a semente, o tratamento da semente, inoculação, adubo, micronutriente e hora máquina. O percentual indica que o produtor deve dar atenção especial a esta operação, pois a semeadura realizada de forma errada ou em época
Individualmente, os itens que mais oneram o custo de produção são fertilizantes, sementes, fungicidas e herbicidas.
Os fungicidas que na safra passada representavam, em média, 5,9% do custo total, nesta safra têm um impacto médio de 5,5%. Já os inseticidas mantiveram sua participação estável em 2,1%.
A produtividade média esperada, conforme os sistemas de produção praticados em Mato Grosso do Sul, é de 3.000 kg ha-1, resultando em um custo variável médio por saca de 60 kg, de R$ 16,26 e total médio de R$ 23,75 para a soja convencional. Já para a soja transgênica, os valores são R$ 16,97 e R$ 24,40, respectivamente.
O preço base é estimado em R$ 30,00 por saca de 60 kg. Com variação de 5%, 10% e 20% a mais e 5% a menos, tanto para a soja convencional quanto para a soja transgênica. Assim, a margem líquida para o produtor fica entre R$ 237,40 a R$ 612,40 por hectare de soja convencional e na soja transgênica entre R$ 205,14 e R$ 580,14.
Os custos de produção da cultura da soja convencional para a safra 2010/11 estão em média 7,7% menores que os da safra 2009/10 e 29,1% menores que os da safra 2008/09. Na soja transgênica, os custos da safra atual estão 9,4% menores que os da safra anterior e 29,6% menores que os da safra 2008/09.
Segundo o estudo, as reduções nos custos nos últimos três anos se devem a queda nos preços dos insumos químicos. Com isso, a margem líquida aumentou apesar de haver drástica redução dos preços da saca de soja na safra 2009/10. Na presente safra, embora o preço estimado para a saca de soja seja baixo, a margem líquida do produtor é altamente positiva.